INCASUR es responsable de la implementación de los programas claves en el Cono Sur, de realizar los eventos de lanzamiento de los programas y de la preparación y coordinación de los formadores que llevaran adelante los procesos formativos.
Estos programas claves comenzarán a desarrollarse a partir de abril de 2006 dándose prioridad a cuatro de ellos en el primer año. (Conductores nacionales, financieros, formadores, organizadores). INCASUR es uno de los actores claves para el desarrollo de los Programas en la región y apoya también la creación de la red de investigadores de la CLAT junto a la dirección de estudios de la UTAL.
En el caso del Cono Sur se ha pensado en considerar a Brasil como una unidad en sí mismo por cuestiones de idioma y de la complejidad brasileña con cuatro organizaciones nacionales afiliadas y un extenso territorio por cubrir. El resto de los países del Cono Sur formarán una unidad para la implementación de los programas.